Perguruan tinggi agama Islam ini awalnya adalah Fakultas Tarbiyah Cabang IAIN Sunan Ampel Surabaya yang berkedudukan di Malang. Pada pertengahan tahun 1997, Fakultas Tarbiyah Malang IAIN Sunan Ampel tersebut beralih status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Malang. Belum genap delapan tahun menjadi STAIN, melalui upaya yang sungguh-sungguh dan panjang, usulan perubahan status kelembagaan menjadi universitas disetujui Presiden. Usulan perubahan kelembagaan menjadi universitas tersebut disetujui Presiden dengan diterbitkannya Surat Keputusan (SK) Presiden RI No. 50, tanggal 21 Juni 2004. Proses menuju perubahan UIN Maulana Malik Ibrahim Malang itu menjadi perubahan yang menakjubkan serta unik.
Alasannya karena dari lembaga yang pada awalnya hanya berstatus sekolah tinggi, kemudian mendapat persetujuan untuk berubah menjadi lembaga pendidikan tinggi agama Islam berstatus universitas. Manajemen perubahan STAIN Malang menjadi UIN Maliki Malang merupakan proses pengelolaan sumber daya kampus yang terselenggara oleh karena terdapat pemimpin perubahan yang kuat. Pemimpin perubahan itu mengolah sumber daya yang ada untuk mewujudkan perubahan status kelembagaan. Langkah yang diaplikasikan guna mewujudkan perubahan status kelembagaan tersebut adalah dengan menerapkan konsep dasar perubahan kelembagaan. Konsep dasar perubahan kelembagaan yang terispirasi dari al-Qur‘an itu berisi ide dasar merubah status sekolah tinggi menjadi universitas. Konsep tersebut dimulai dari iqra atau membaca, selanjutnya mudatsir atau menumbuhkan kesadaran, kemudian qiyam atau bangkit.
Setelah qiyam atau bangkit adalah toharoh atau bersuci, setelah toharoh atau bersuci yaitu melakukan jihad dengan harapan memperoleh ridhallah. Iqra digunakan kampus sebagai sarana membaca dasar filosofi melakukan perubahan. Setelah membaca dasar itu, langkah berikutnya adalah mudatsir atau sadar, dan diteruskan dengan qiyam atau bangkit. Sembari bangkit, toharah atau bersuci dari segala sesuatu yang melalaikan perubahan pun harus dilakukankan. Tujuannya agar jihad atau perjuangan yang sebenar-benar perjuangan dapat diterapkan. Suntikan semangat untuk melakukan perjuangan tersebut adalah dengan mencari ridhallah atau kerelaan Allah. Semua proses tersebut tergambar dalam tahap perubahan. Tahap dimaksud adalah tahap unfreezing, changing dan refreezing.